（一）医疗事故罪与一般医疗事故的区分
一般医疗事故指的是医务人员虽然有不负责任的行为，也造成了一定的危害结果，但是还没有达到刑法所规定的造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体的行为。该种医疗事故就不能被作为犯罪处理，对此的责任程度只是民事赔偿或医院内部的处分。同时，如果医疗人员有严重不负责任的情形，同时也有就诊人死亡或严重身体损害的结果，但是如果“严重不负责任”与死亡或损害结果间没有直接因果关系的也不能作为医疗事故罪处理。例如虽然医生有用错药的行为，但是就诊人死亡的结果是因为其病情太重，医学治疗已经不能阻止其死亡的发生的，该种情况就不能以医疗事故罪处理。
（二）医疗事故罪与医疗技术事故的界限。
医疗技术事故是指在诊疗护理工作中，因医务工作者的技术过失，造成病员死亡、残废或功能障碍的事故。在医疗技术事故中，由于医务人员在诊疗护理过程中已尽其责，没有违反工作制度和技术规程，只是由于在现有医学科学技术条件下，设备或医务技术水平的限制发生了无法预料或者不能防范的不良后果。由于行为人不具备构成医疗事故罪的主客观要件，因而医疗技术事故不能作为有罪处理。
（三）医疗事故罪与医疗意外的界限。
医疗意外是指由于医务人员不能预见或不可抗拒的原因导致就诊人死亡或严重损害结果的发生的，一般是指在医疗活动中由于患者病情异常或者患者体质特殊而发生的难以预料和防范的不良后果。在医疗意外中，由于医务人员没有主观罪过，故不属犯罪。这种情形刑法理论称“意外事件”或“不可抗力事件”。同时对于就诊人或其家属不配合治疗所产生的事故后果也不应归结为医疗事故罪范畴。